Prof. Dr.Prof. Peiffer ist Sprecher einer Forschergruppe der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) und Geschäftsführender Direktor des Bayreuther Zentrums für Ökologie und Umweltforschung (BayCEER).
Der Lehrstuhl für Hydrologie befasst sich mit Vorgängen an der Grenzfläche zwischen Grundwasser und Oberflächenwasser. Diese Grenzfläche ist von herausragender geoökologischer Bedeutung, da sie die Schnittstelle zwischen hydrologischen Komponenten mit komplett unterschiedlichen physikalischen, chemischen und biologischen Eigenschaften darstellt. Hier stellen sich steile Gradienten im Hinblick auf die Redoxbedingungen, etwa die Nachlieferung von Sauerstoff ein. Darüber hinaus unterscheiden sich die physikalischen Strömungsbedingungen fundamental, unabhängig davon, ob das Grundwasser mit einem See oder einem Fließgewässer in Kontakt steht. Man kann diese Grenzfläche als Nahtstelle zwischen Grundwasser und terrestrischem Einzugsgebiet bezeichnen, an der ein Großteil der Stoffe in aquatischen Systemen umgesetzt wird.
Der Lehrstuhl untersucht die Vorgänge in physikalischer Hinsicht durch Messung und Quantifizierung der Austauschvorgänge. Aus biogeochemischer Sicht gelten die Untersuchungen den redoxbedingten Umsetzungen. Außerdem befasst sich der Lehrstuhl auch mit der Schadstoffhydrologie an dieser Grenzfläche, mit Fragen also nach dem Verbleib von Fremdstoffen in diesem biologisch und chemisch überaus aktiven Milieu.